Пакет: libgenomicsdb0 (1.5.0-2 и другие)

[ Источник: genomicsdb  ]

sparse array storage library for genomics (shared libraries)

GenomicsDB is built on top of a htslib fork and an internal array storage system for importing, querying and transforming variant data. Variant data is sparse by nature (sparse relative to the whole genome) and using sparse array data stores is a perfect fit for storing such data.

The GenomicsDB stores variant data in a 2D array where:

 - Each column corresponds to a genomic position (chromosome + position);
 - Each row corresponds to a sample in a VCF (or CallSet in the GA4GH
   terminology);
 - Each cell contains data for a given sample/CallSet at a given position;
   data is stored in the form of cell attributes;
 - Cells are stored in column major order - this makes accessing cells with
   the same column index (i.e. data for a given genomic position over all
   samples) fast.
 - Variant interval/gVCF interval data is stored in a cell at the start of the
   interval. The END is stored as a cell attribute. For variant intervals
   (such as deletions and gVCF REF blocks), an additional cell is stored at
   the END value of the variant interval. When queried for a given genomic
   position, the query library performs an efficient sweep to determine all
   intervals that intersect with the queried position.

This package contains the shared library.

Теги: Роль: Динамическая библиотека

Другие пакеты, относящиеся к libgenomicsdb0

• dep: libbz2-1.0

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: libcurl4 (>= 7.18.0) [alpha]

  простая в использовании клиентская библиотека для передачи URL (вариант с OpenSSL)

• dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0) [не alpha]

  простая в использовании клиентская библиотека для передачи URL (вариант с OpenSSL)

• dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [mips64el]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  библиотека для работы с архивами в формате XZ

• dep: libmuparserx4.0.11 (>= 4.0.11)

  mathematical expression parser library

• dep: libprotobuf23 (>= 3.12.4) [alpha]

  protocol buffers C++ library

• dep: libprotobuf32t64 (>= 3.21.12) [не alpha]

  protocol buffers C++ library

• dep: libssl3t64 (>= 3.0.0)

  инструментарий Secure Sockets Layer — разделяемые библиотеки

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libuuid1 (>= 2.16)

  библиотека поддержки универсальных уникальных идентификаторов

• dep: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка libgenomicsdb0

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.5.0-2+b1	1 441,9 Кб	6 556,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.5.0-2+b1	1 538,6 Кб	5 860,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.5.0-2+b1	1 441,1 Кб	5 345,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.5.0-2+b1	1 281,7 Кб	6 887,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.5.0-2+b1	1 800,8 Кб	5 317,0 Кб	[список файлов]