Пакет: jellyfish (2.3.1-3 и другие)

[ Источник: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

Другие пакеты, относящиеся к jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.34) [не ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не hppa, ia64, riscv64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3 (>= 1.17) [hppa]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [не hppa, ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-12) [ia64]

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-2+b1) [hppa]

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-3+b3) [amd64, arm64]

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-3+b4) [mips64el, ppc64el, riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не ia64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Загрузка jellyfish

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.3.1-3+b3	776,4 Кб	2 471,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.3.1-3+b3	695,4 Кб	2 447,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.3.1-2+b1	682,7 Кб	2 079,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.3.0-12	847,7 Кб	5 022,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.3.1-3+b4	654,5 Кб	3 084,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.3.1-3+b4	734,7 Кб	2 895,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.3.1-3+b4	745,3 Кб	1 947,0 Кб	[список файлов]