все параметры
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Источник: idba  ]

Пакет: idba (1.1.3-3)

Ссылки для idba

Screenshot

Ресурсы Debian:

Исходный код idba:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Подобные пакеты:

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

Другие пакеты, относящиеся к idba

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • enhances

Загрузка idba

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Размер пакета В установленном виде Файлы
alpha (неофициальный перенос) 385,1 Кб2 951,0 Кб [список файлов]
amd64 371,8 Кб2 571,0 Кб [список файлов]
arm64 333,1 Кб2 191,0 Кб [список файлов]
armel 319,3 Кб2 199,0 Кб [список файлов]
armhf 329,5 Кб1 575,0 Кб [список файлов]
hppa (неофициальный перенос) 413,8 Кб2 863,0 Кб [список файлов]
hurd-i386 419,7 Кб2 823,0 Кб [список файлов]
i386 417,7 Кб2 831,0 Кб [список файлов]
kfreebsd-amd64 371,1 Кб2 559,0 Кб [список файлов]
kfreebsd-i386 419,9 Кб2 819,0 Кб [список файлов]
mips 390,8 Кб3 238,0 Кб [список файлов]
mips64el 387,0 Кб3 212,0 Кб [список файлов]
mipsel 402,8 Кб3 242,0 Кб [список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос) 380,2 Кб3 227,0 Кб [список файлов]
ppc64el 381,4 Кб3 035,0 Кб [список файлов]
riscv64 (неофициальный перенос) 370,8 Кб1 863,0 Кб [список файлов]
s390x 332,9 Кб2 703,0 Кб [список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос) 309,3 Кб2 355,0 Кб [список файлов]
x32 (неофициальный перенос) 361,4 Кб2 319,0 Кб [список файлов]