Пакет: r-bioc-rsamtools (2.18.0+dfsg-1 и другие)

[ Источник: r-bioc-rsamtools  ]

GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

This package provides an interface to the 'samtools', 'bcftools', and 'tabix' utilities for manipulating SAM (Sequence Alignment / Map), binary variant call (BCF) and compressed indexed tab-delimited (tabix) files.

Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-rsamtools

• dep: libbz2-1.0 [не hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.15) [m68k, sparc64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.18.0) [alpha, hppa, ia64, sh4, x32]

  простая в использовании клиентская библиотека для передачи URL (вариант с OpenSSL)

• dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

  простая в использовании клиентская библиотека для передачи URL (вариант с OpenSSL)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Пакет недоступен

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Пакет недоступен

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [m68k, sparc64]

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [не hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  библиотека для работы с архивами в формате XZ

• dep: libstdc++6 (>= 11) [не m68k, sparc64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: r-api-3.4 [m68k]

  Пакет недоступен

• dep: r-api-3.5 [sparc64]

  Пакет недоступен

• dep: r-api-4.0 [не m68k, sparc64]

  виртуальный пакет, предоставляемый r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Пакет недоступен

• dep: r-api-bioc-3.18 [не m68k, sparc64, x32]

  виртуальный пакет, предоставляемый r-bioc-biocgenerics

• dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

  Пакет недоступен

• dep: r-base-core (>= 3.4.2-2) [m68k]

  GNU R core of statistical computation and graphics system

  dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

  dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.1.3) [m68k]

  generic functions for Bioconductor

  dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1) [не m68k]

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]

  GNU R string objects representing biological sequences

  dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [не m68k]

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6) [m68k]

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

  dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [не m68k]

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [не m68k]

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

  dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7) [m68k]

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 1.99.3) [не m68k, sparc64]

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8) [m68k]

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

  dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [не m68k]

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.15.1) [m68k]

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

  dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7) [не m68k]

• dep: r-bioc-zlibbioc [не m68k]

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-bitops

  GNU R package implementing bitwise operations

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [не hppa, sh4, x32]

  библиотека сжатия

• rec: r-bioc-shortread

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• rec: r-cran-runit

  GNU R package providing unit testing framework

• sug: r-bioc-biocstyle [не m68k, sparc64]

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10) [не sparc64]

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• sug: r-cran-knitr [не m68k, sparc64, x32]

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit [не sparc64]

  GNU R package providing unit testing framework

Загрузка r-bioc-rsamtools

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.18.0+dfsg-1+b1	3 499,6 Кб	5 779,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.18.0+dfsg-1+b1	3 500,1 Кб	5 581,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.18.0+dfsg-1+b1	3 456,7 Кб	5 585,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.18.0+dfsg-1	3 506,9 Кб	5 731,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.18.0+dfsg-1+b1	3 636,0 Кб	6 843,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.30.0-1	3 206,0 Кб	5 170,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.18.0+dfsg-1+b1	3 452,0 Кб	5 771,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.18.0+dfsg-1+b1	3 537,8 Кб	6 173,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.18.0+dfsg-1+b1	3 545,3 Кб	5 969,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.18.0+dfsg-1+b2	3 518,6 Кб	5 393,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.18.0+dfsg-1+b1	3 509,8 Кб	5 713,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.18.0+dfsg-1	3 552,9 Кб	5 453,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.34.1-1	3 424,1 Кб	5 736,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.14.0-1	3 666,4 Кб	5 700,0 Кб	[список файлов]