Пакет: fasttree (2.1.11-2 и другие)

[ Источник: fasttree  ]

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.

FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").

This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).

Другие пакеты, относящиеся к fasttree

• dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, ia64, riscv64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

Загрузка fasttree

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.1.11-2	176,6 Кб	531,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.1.11-2	176,6 Кб	483,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.1.11-2	167,5 Кб	465,0 Кб	[список файлов]
armel	2.1.11-2	172,2 Кб	509,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.1.11-2	164,9 Кб	385,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.1.11-2	170,8 Кб	471,0 Кб	[список файлов]
i386	2.1.11-2	178,9 Кб	517,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.1.11-2	208,6 Кб	857,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.1.11-2	161,9 Кб	465,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.1.11-2	171,5 Кб	527,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.1.11-2	181,7 Кб	635,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.1.11-2	181,9 Кб	635,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.1.11-2+b1	178,3 Кб	423,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.1.11-2	166,4 Кб	493,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.1.11-2	187,7 Кб	441,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.1.11-2	163,5 Кб	493,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.1.11-2	175,3 Кб	469,0 Кб	[список файлов]