Пакет: concavity (0.1+dfsg.1-5 и другие)

[ Источник: concavity  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

Другие пакеты, относящиеся к concavity

• dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, ia64, riscv64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  Molecular Graphics System

Загрузка concavity

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.1+dfsg.1-5	237,3 Кб	1 051,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.1+dfsg.1-5	238,5 Кб	973,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.1+dfsg.1-5	224,0 Кб	941,0 Кб	[список файлов]
armel	0.1+dfsg.1-5	224,9 Кб	933,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.1+dfsg.1-5	222,9 Кб	809,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.1+dfsg.1-5	236,6 Кб	981,0 Кб	[список файлов]
i386	0.1+dfsg.1-5	252,5 Кб	1 020,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.1+dfsg.1-5	266,8 Кб	1 406,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.1+dfsg.1-5	235,2 Кб	976,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.1+dfsg.1-5	252,7 Кб	1 168,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.1+dfsg.1-5	252,3 Кб	1 194,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.1+dfsg.1-5	252,8 Кб	1 130,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.1+dfsg.1-5+b1	242,3 Кб	885,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.1+dfsg.1-5	224,1 Кб	969,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.1+dfsg.1-5	273,7 Кб	1 001,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.1+dfsg.1-5	218,0 Кб	971,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.1+dfsg.1-5	238,1 Кб	948,0 Кб	[список файлов]