Пакет: bowtie (1.3.1-3)

[ Источник: bowtie  ]

Ultrafast memory-efficient short read aligner

This package addresses the problem to interpret the results from the latest (2010) DNA sequencing technologies. Those will yield fairly short stretches and those cannot be interpreted directly. It is the challenge for tools like Bowtie to give a chromosomal location to the short stretches of DNA sequenced per run.

Bowtie aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Наука: science::calculation, scope::utility, Цель: Анализ, use::comparing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к bowtie

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  библиотека сжатия

• sug: bowtie-examples

  Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner

Загрузка bowtie

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
arm64	1 218,5 Кб	6 481,0 Кб	[список файлов]