Пакет: python3-pairtools (1.1.3-2) [debports]

[ Источник:  ]

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Другие пакеты, относящиеся к python3-pairtools

• dep: libc6.1 (>= 2.4)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.13~)

• dep: python3-bioframe

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-numpy2-abi0

  виртуальный пакет, предоставляемый python3-numpy

  или python3-numpy-abi9

  виртуальный пакет, предоставляемый python3-numpy

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

• dep: python3-standard-pipes

  pipes Standard Python Lib (Python 3)

• dep: python3-yaml

  YAML parser and emitter for Python3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Загрузка python3-pairtools

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	188,6 Кб	927,0 Кб	[список файлов]