Пакет: python-freecontact (1.1-4)

[ Источник: python-freecontact  ]

fast protein contact predictor - binding for Python

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Python binding.

Другие пакеты, относящиеся к python-freecontact

• dep: libboost-python1.67.0

  Boost.Python Library

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [не arm64]

• dep: libfreecontact0v5

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [не armhf]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python

  интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7~)

Загрузка python-freecontact

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	79,7 Кб	173,0 Кб	[список файлов]
arm64	77,9 Кб	177,0 Кб	[список файлов]
armhf	75,6 Кб	140,0 Кб	[список файлов]
i386	81,5 Кб	172,0 Кб	[список файлов]