все параметры
stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Источник: jellyfish  ]

Пакет: libjellyfish-perl (2.2.10-2)

Ссылки для libjellyfish-perl

Screenshot

Ресурсы Debian:

Исходный код jellyfish:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Подобные пакеты:

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Теги: Разработка программного обеспечения: Разработка на Perl, Библиотеки, Реализовано на: implemented-in::c, implemented-in::perl, Роль: Библиотека разработчика

Другие пакеты, относящиеся к libjellyfish-perl

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • enhances

Загрузка libjellyfish-perl

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Размер пакета В установленном виде Файлы
amd64 55,3 Кб176,0 Кб [список файлов]
arm64 51,6 Кб168,0 Кб [список файлов]
mips64el 50,1 Кб193,0 Кб [список файлов]
ppc64el 56,9 Кб228,0 Кб [список файлов]