Пакет: gubbins (2.3.4-1)
Ссылки для gubbins
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код gubbins:
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Andreas Tille (Страница КК)
- Aidan Delaney (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [sanger-pathogens.github.io]
Подобные пакеты:
phylogenetic analysis of genome sequences
Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.
Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.
Другие пакеты, относящиеся к gubbins
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- dep: libc6 (>= 2.4)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
-
- dep: python3-biopython
- Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)
-
- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
-
- dep: python3-nose
- test discovery and running for Python3 unittest
-
- dep: python3-reportlab
- ReportLab library to create PDF documents using Python3
-
- dep: raxml (>= 8)
- синтез филогенетических деревьев по методу максимального правдоподобия
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- библиотека сжатия
Загрузка gubbins
Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|
i386 | 48,3 Кб | 186,0 Кб | [список файлов] |