Пакет: clustalw (2.1+lgpl-6)

[ Источник: clustalw  ]

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

This program performs an alignment of multiple nucleotide or amino acid sequences. It recognizes the format of input sequences and whether the sequences are nucleic acid (DNA/RNA) or amino acid (proteins). The output format may be selected from in various formats for multiple alignments such as Phylip or FASTA. Clustal W is very well accepted.

The output of Clustal W can be edited manually but preferably with an alignment editor like SeaView or within its companion Clustal X. When building a model from your alignment, this can be applied for improved database searches. The Debian package hmmer creates such in form of an HMM.

Теги: Биология: Clustal/ALN, Протеины, Область: field::biology, field::biology:bioinformatics, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Пользовательский интерфейс: Интерактивный, на основе вводимого текста, Роль: role::program, scope::utility, Цель: Сравнение, Поддерживаемые форматы: works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Другие пакеты, относящиеся к clustalw

• dep: libc6 (>= 2.4)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• sug: clustalx

  Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences (graphical interface)

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• enh: bioperl-run

  BioPerl wrappers: scripts

• enh: emboss

  European molecular biology open software suite

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Загрузка clustalw

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
i386	294,1 Кб	834,0 Кб	[список файлов]