все параметры
buster  ] [  bullseye  ] [  sid  ]
[ Источник: clonalframeml  ]

Пакет: clonalframeml (1.11-3)

Ссылки для clonalframeml

Screenshot

Ресурсы Debian:

Исходный код clonalframeml:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Подобные пакеты:

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.

ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues

Другие пакеты, относящиеся к clonalframeml

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • enhances

Загрузка clonalframeml

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Размер пакета В установленном виде Файлы
amd64 92,4 Кб249,0 Кб [список файлов]
arm64 78,4 Кб209,0 Кб [список файлов]
armel 78,5 Кб216,0 Кб [список файлов]
armhf 74,9 Кб152,0 Кб [список файлов]
i386 92,3 Кб248,0 Кб [список файлов]
mips 84,9 Кб270,0 Кб [список файлов]
mips64el 85,6 Кб271,0 Кб [список файлов]
mipsel 86,5 Кб270,0 Кб [список файлов]
ppc64el 92,0 Кб273,0 Кб [список файлов]
s390x 79,9 Кб241,0 Кб [список файлов]