Пакет: boxshade (3.3.1-12)

[ Источник: boxshade  ]

создание красивых распечаток множественного выравнивания последовательностей

Boxshade -- это программа для создания "красивых" распечаток множественного выравнивания последовательностей белка или ДНК. Программа не выполняет выравнивание самостоятельно, а требует, чтобы входной файл создавался программой множественного выравнивания или был отредактирован вручную соответствующими инструментами.

Boxshade читает многократно выравненные последовательности из файлов в форматах PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED и ESEE (максимум 150 последовательностей до 10000 элементов каждая). Для выделения идентичных/подобных остатков можно использовать различные вида затенения. Результат выводится на экран или в файл в следующих форматах: ANSI/VT100, PS / EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-принтер, ASCII, xFIG, PICT, HTML

Теги: Биология: Clustal/ALN, Протеины, Область: field::biology, field::biology:bioinformatics, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Роль: Программа, Область: scope::utility, use::typesetting, Поддерживаемые форматы: works-with-format::html, works-with-format::plaintext, works-with-format::postscript, works-with-format::tex, Работает с: Требуется дополнительный тег, Текст

Другие пакеты, относящиеся к boxshade

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]

• sug: kalign

  Global and progressive multiple sequence alignment

  или clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

  или mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

  или hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX additional packages

• sug: xfig

  интерактивное создание рисунков в X11

Загрузка boxshade

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	54,0 Кб	161,0 Кб	[список файлов]
arm64	53,2 Кб	164,0 Кб	[список файлов]
armhf	51,6 Кб	135,0 Кб	[список файлов]
i386	55,8 Кб	168,0 Кб	[список файлов]