Пакет: python-pyfaidx (0.5.5.2-1)

[ Источник: python-pyfaidx  ]

efficient random access to fasta subsequences for Python

Samtools provides a function "faidx" (FAsta InDeX), which creates a small flat index file ".fai" allowing for fast random access to any subsequence in the indexed FASTA file, while loading a minimal amount of the file in to memory. This Python module implements pure Python classes for indexing, retrieval, and in-place modification of FASTA files using a samtools compatible index. The pyfaidx module is API compatible with the pygr seqdb module. A command-line script "faidx" is installed alongside the pyfaidx module, and facilitates complex manipulation of FASTA files without any programming knowledge.

This package provides the Python 2 modules to access fasta files.

Другие пакеты, относящиеся к python-pyfaidx

• dep: python

  интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

• dep: python-pkg-resources

  обнаружение пакетов и доступ к ресурсам через pkg_resources

• dep: python-six

  библиотека совместимости Python 2 и 3 (интерфейс для Python 2)

Загрузка python-pyfaidx

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
all	23,3 Кб	112,0 Кб	[список файлов]