Пакет: ragout (2.3-2 и другие)

[ Источник: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).

The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.

Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.

Другие пакеты, относящиеся к ragout

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [не amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, mipsel]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [не armel, armhf]

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: python3-networkx (>= 2.2)

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

Загрузка ragout

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.3-2+b1	2 074,3 Кб	9 683,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.3-2+b1	2 068,8 Кб	9 655,0 Кб	[список файлов]
armel	2.3-2+b1	2 069,2 Кб	9 649,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.3-2+b1	2 068,4 Кб	9 613,0 Кб	[список файлов]
i386	2.3-2+b1	2 085,8 Кб	9 689,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.3-2+b1	2 079,0 Кб	9 721,0 Кб	[список файлов]
mipsel	2.3-2+b1	2 079,0 Кб	9 718,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.3-2+b1	2 084,3 Кб	9 823,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.3-2+b1	2 071,4 Кб	9 687,0 Кб	[список файлов]