Пакет: mindthegap (2.2.2-2)

[ Источник: mindthegap  ]

performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets

Designed to call insertions of any size, whether they are novel or duplicated, homozygous or heterozygous in the donor genome. It takes as input a set of reads and a reference genome. It outputs two sets of FASTA sequences: one is the set of breakpoints of detection insertion sites, the other is the set of assembled insertions for each breakpoint. MindTheGap can also be used as a genome assembly finishing tool. It can fill the gaps between a set of input contigs without any a priori on their relative order and orientation. It outputs the results in gfa file.

Другие пакеты, относящиеся к mindthegap

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.8) [i386, mips64el, s390x]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не i386]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

Загрузка mindthegap

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	227,5 Кб	1 004,0 Кб	[список файлов]
arm64	204,1 Кб	944,0 Кб	[список файлов]
i386	246,1 Кб	1 031,0 Кб	[список файлов]
mips64el	190,4 Кб	1 087,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	225,7 Кб	1 112,0 Кб	[список файлов]
s390x	207,3 Кб	996,0 Кб	[список файлов]