Пакет: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-5)

[ Источник: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Другие пакеты, относящиеся к lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [не armel, armhf]

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Загрузка lumpy-sv

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	181,5 Кб	631,0 Кб	[список файлов]
arm64	159,7 Кб	563,0 Кб	[список файлов]
armel	153,3 Кб	545,0 Кб	[список файлов]
armhf	161,4 Кб	433,0 Кб	[список файлов]
i386	198,4 Кб	673,0 Кб	[список файлов]
mips64el	167,4 Кб	720,0 Кб	[список файлов]
mipsel	175,8 Кб	708,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	183,2 Кб	803,0 Кб	[список файлов]