Пакет: fasta3 (36.3.8h.2020-02-11-3 и другие)

[ Источник: fasta3  ]

tools for searching collections of biological sequences

The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Local protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein with unordered peptides (fasts)
   - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)

 * Nucleotide
   - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta)
   - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm)
   - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)

 * Translated
   - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs)
     vs Proteins (fastx/fasty)
   - Protein vs Translated DNA (with frameshifts)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptides vs Translated DNA (tfasts)

 * Statistical Significance
   - Protein vs Protein shuffle (prss)
   - DNA vs DNA shuffle (prss)
   - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)

 * Local Duplications
   - Local Protein alignments (lalign)
   - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign)
   - Local DNA alignments (lalign)
   - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)

This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Другие пакеты, относящиеся к fasta3

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• sug: bedtools

  suite of utilities for comparing genomic features

• sug: libdbd-mysql-perl

  интерфейс к СУБД MariaDB/MySQL для Perl5

• sug: libdbi-perl

  Perl-интерфейс к базам данных (DBI)

• sug: libhtml-tableextract-perl

  module for extracting the content contained in HTML tables

• sug: libjson-perl

  module for manipulating JSON-formatted data

• sug: liburi-encode-perl

  Perl module to encode and decode strings to URIs

• sug: libwww-perl

  простый и надёжный интерфейс для Всемирной паутины

• sug: libxml-twig-perl

  Perl module for processing huge XML documents in tree mode

• sug: ncbi-blast+

  поиск первичных биологических последовательностей

• sug: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: python3-mysqldb

  Python interface to MySQL

Загрузка fasta3

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	36.3.8h.2020-02-11-3+b2	733,1 Кб	5 988,0 Кб	[список файлов]
arm64	36.3.8h.2020-02-11-3+b2	680,1 Кб	5 505,0 Кб	[список файлов]
armel	36.3.8h.2020-02-11-3+b2	670,4 Кб	5 709,0 Кб	[список файлов]
armhf	36.3.8h.2020-02-11-3+b2	635,8 Кб	4 417,0 Кб	[список файлов]
i386	36.3.8h.2020-02-11-3+b2	711,5 Кб	6 338,0 Кб	[список файлов]
mips64el	36.3.8h.2020-02-11-3+b2	648,3 Кб	6 098,0 Кб	[список файлов]
mipsel	36.3.8h.2020-02-11-3+b2	642,8 Кб	5 930,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	36.3.8h.2020-02-11-3+b2	729,2 Кб	7 390,0 Кб	[список файлов]
s390x	36.3.8h.2020-02-11-3+b2	701,9 Кб	6 260,0 Кб	[список файлов]