Пакет: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-7+deb11u1)

[ Источник: pdb2pqr  ]

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Другие пакеты, относящиеся к pdb2pqr

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• sug: apbs

  Adaptive Poisson Boltzmann Solver

• enh: autodocktools

  Пакет недоступен

Загрузка pdb2pqr

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	383,0 Кб	2 934,0 Кб	[список файлов]
arm64	373,5 Кб	2 925,0 Кб	[список файлов]
armel	363,1 Кб	2 853,0 Кб	[список файлов]
armhf	364,8 Кб	2 737,0 Кб	[список файлов]
i386	389,2 Кб	2 878,0 Кб	[список файлов]
mips64el	373,3 Кб	3 199,0 Кб	[список файлов]
mipsel	372,3 Кб	3 128,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	385,5 Кб	3 169,0 Кб	[список файлов]
s390x	384,1 Кб	3 085,0 Кб	[список файлов]