Пакет: minimap2 (2.17+dfsg-12 и другие)

Ссылки для minimap2

Ресурсы Debian:

Исходный код minimap2:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Другие пакеты, относящиеся к minimap2

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не arm64]

библиотека сжатия

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [arm64]

Загрузка minimap2

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.17+dfsg-12+b3	354,9 Кб	467,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.17+dfsg-12+b3	346,9 Кб	451,0 Кб	[список файлов]
armel	2.17+dfsg-12+b3	365,9 Кб	506,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.17+dfsg-12+b3	365,4 Кб	450,0 Кб	[список файлов]
i386	2.17+dfsg-12+b3	386,1 Кб	574,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.17+dfsg-12+b3	375,1 Кб	526,0 Кб	[список файлов]
mipsel	2.17+dfsg-12+b3	388,0 Кб	549,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.17+dfsg-12+b3	365,8 Кб	559,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.17+dfsg-12+b3	367,9 Кб	523,0 Кб	[список файлов]