Пакет: ivar (1.3+dfsg-1)

[ Источник: ivar  ]

functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

Другие пакеты, относящиеся к ivar

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не i386, mipsel]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Загрузка ivar

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	202,9 Кб	1 614,0 Кб	[список файлов]
arm64	191,3 Кб	1 606,0 Кб	[список файлов]
i386	217,8 Кб	1 617,0 Кб	[список файлов]
mips64el	266,0 Кб	2 502,0 Кб	[список файлов]
mipsel	264,8 Кб	2 392,0 Кб	[список файлов]