Пакет: r-bioc-shortread (1.48.0-2)

[ Источник: r-bioc-shortread  ]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

This BioConductor module is a package for input, quality assessment, manipulation and output of high-throughput sequencing data. ShortRead is provided in the R and Bioconductor environments, allowing ready access to additional facilities for advanced statistical analysis, data transformation, visualization and integration with diverse genomic resources.

Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-shortread

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [не amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: r-api-4.0

  виртуальный пакет, предоставляемый r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  виртуальный пакет, предоставляемый r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-bioc-biobase

  base functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.23.3)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-rhtslib

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2)

  GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-hwriter

  HTML Writer - Outputs R objects in HTML format

• dep: r-cran-lattice

  GNU R package for 'Trellis' graphics

• dep: r-cran-latticeextra

  GNU R package of additional graphical displays based on lattice

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• rec: r-cran-runit

  GNU R package providing unit testing framework

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biomart

  GNU R Interface to BioMart databases (Ensembl, COSMIC, Wormbase and Gramene)

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

Загрузка r-bioc-shortread

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	5 013,3 Кб	7 462,0 Кб	[список файлов]
arm64	5 008,6 Кб	7 464,0 Кб	[список файлов]
armel	5 004,1 Кб	7 433,0 Кб	[список файлов]
armhf	5 005,6 Кб	7 407,0 Кб	[список файлов]
i386	5 017,2 Кб	7 477,0 Кб	[список файлов]
mips64el	5 004,6 Кб	7 478,0 Кб	[список файлов]
mipsel	5 004,4 Кб	7 472,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	5 015,8 Кб	7 576,0 Кб	[список файлов]
s390x	5 010,2 Кб	7 472,0 Кб	[список файлов]