Пакет: libfreecontact-dev (1.0.21-13)

[ Источник: freecontact  ]

fast protein contact predictor library - development files

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains files necessary for developing applications with libfreecontact.

Теги: Разработка программного обеспечения: Библиотеки, Роль: Библиотека разработчика

Пакеты, предоставляющие libfreecontact-dev

libfreecontact-dev

fast protein contact predictor library - development files

Загрузка libfreecontact-dev

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	83,0 Кб	338,0 Кб	[список файлов]
arm64	76,3 Кб	317,0 Кб	[список файлов]
armel	70,7 Кб	296,0 Кб	[список файлов]
armhf	71,1 Кб	263,0 Кб	[список файлов]
i386	72,6 Кб	267,0 Кб	[список файлов]
mips64el	78,8 Кб	362,0 Кб	[список файлов]
mipsel	80,3 Кб	284,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	90,9 Кб	352,0 Кб	[список файлов]
s390x	75,8 Кб	336,0 Кб	[список файлов]