Пакет: mafft (7.505-1)

[ Источник: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Теги: Биология: Clustal/ALN, Протеины, Область: field::biology, field::biology:bioinformatics, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: use::comparing, works-with-format::plaintext, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к mafft

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• rec: blast2

  Пакет недоступен

• rec: libwww-perl

  простый и надёжный интерфейс для Всемирной паутины

• rec: lynx

  класcический веб-браузер для текстового режима

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Загрузка mafft

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	1 052,5 Кб	11 920,0 Кб	[список файлов]
arm64	911,0 Кб	12 026,0 Кб	[список файлов]
armel	916,0 Кб	12 403,0 Кб	[список файлов]
armhf	765,3 Кб	9 139,0 Кб	[список файлов]
i386	983,3 Кб	13 119,0 Кб	[список файлов]
mips64el	873,9 Кб	14 427,0 Кб	[список файлов]
mipsel	932,1 Кб	14 174,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1 019,2 Кб	16 336,0 Кб	[список файлов]
s390x	891,0 Кб	13 010,0 Кб	[список файлов]