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Package: alien-hunter (1.7-1)

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Temas de Ordem Variável Interpolados para identificar DNA adquirido horizontalmente

Alien_hunter é uma aplicação para a predição de eventos putativos de Transferência Horizontal de Genes (HGT -- Horizontal Gene Transfer) com a implementação de Temas de Ordem Variável Interpolados (IVOM -- Interpolated Variable Order Motifs). A abordagem IVOM explora tendências composicionais usando distribuições de temas de ordem variável e captura, mais confiavelmente quando comparado a métodos de ordem fixa, a composição local de uma sequencia. Opcionalmente as predições podem ser analisadas em um Modelo Markov Oculto (HMM - Hidden Markov Model) de 2-estados de 2a. ordem, usando uma infraestrutura de detecção de ponto de mudança, para otimizar a localização dos limites das regiões de predição. As predições (formato embl) podem ser automaticamente carregadas no visualizador de genoma Artemis que está livremente disponível em: http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

O manuscrito descrevendo o algoritmo alien_hunter está disponível a partir de "Bioinformatics: Interpolated variable order motifs for identification of horizontally acquired DNA: revisiting the Salmonella pathogenicity islands". Vernikos GS, Parkhill J Bioinformatics. 2006;. PMID: 16837528.

Tags: Field: Biology, Structural Biology, Implemented in: implemented-in::java, implemented-in::perl, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing

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