Pacote: libjellyfish-perl (2.3.1-4 e outros)

[ Fonte: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Etiquetas: Desenvolvimento de software: Desenvolvimento Perl, Bibliotecas, Implementado em: implemented-in::c, implemented-in::perl, Função: Biblioteca de desenvolvimento

Outros pacotes relacionados a libjellyfish-perl

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: perl (>= 5.40.1-2)

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• dep: perlapi-5.40.1

  pacote virtual fornecido por perl-base

Download de libjellyfish-perl

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	2.3.1-4+b1	55.6 kB	177.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.3.1-4+b1	52.5 kB	229.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.3.1-4+b1	55.8 kB	229.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.3.1-4+b1	56.4 kB	157.0 kB	[lista de arquivos]