Pacote: cd-hit (4.8.1-4 e outros)

[ Fonte: cd-hit  ]

suite of programs designed to quickly group sequences

cd-hit contains a number of programs designed to quickly group sequences. cd-hit groups proteins into clusters that meet a user-defined similarity threshold. cd-hit-est is similar to cd-hit, but designed to group nucleotide sequences (without introns). cd-hit-est-2d is similar to cd-hit-2d but designed to compare two nucleotide datasets. A number of other related programs are also in this package. Please see the cd-hit user manual, also part of this package, for further information.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Interface de usuário(a): Linha de comando, Função: role::program, use::comparing, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a cd-hit

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armel, armhf, i386, s390x]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [não arm64, riscv64]

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de cd-hit

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	4.8.1-4	510.3 kB	1,411.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	4.8.1-4+b1	496.6 kB	1,428.0 kB	[lista de arquivos]
armel	4.8.1-4	491.0 kB	1,319.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	4.8.1-4	487.6 kB	1,111.0 kB	[lista de arquivos]
i386	4.8.1-4	511.4 kB	1,477.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	4.8.1-4	508.7 kB	1,813.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	4.8.1-4+b1	505.5 kB	1,236.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	4.8.1-4	496.6 kB	1,429.0 kB	[lista de arquivos]