all options
squeeze  ] [  wheezy  ] [  jessie  ] [  sid  ]
[ Source: sim4  ]

Package: sim4 (0.0.20030921-3)

Links for sim4

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package sim4:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

ferramenta para alinhamento cDNA e DNA genômico

sim4 é uma ferramenta baseada em similaridade para alinhar uma seqüência de DNA (EST, cDNA, mRNA) representada com uma seqüência genômica para o gene. Ela também detecta o fim de combinações quando as duas seqüências de entrada coincidem no final (i.e., o início de uma seqüência coincide com o fim da outra).

sim4 emprega uma técnica baseada em BLAST para determinar primeiro os blocos de combinação básicos representando os núcleos exão ("exon cores"). Neste primeiro estágio, ela detecta todas as combinações exatas possíveis de W-mers (i.e., palavras de DNA de tamanho W) entre as duas seqüências e estende-as à máxima pontuação de segmentos sem lacunas. No segundo estágio, os núcleos exão são estendidos dentro de fragmentos ainda-não-combinados adjacentes usando algoritmos gulosos de alinhamento, e heurísticas são usadas para favorecer configurações que obedecem o reconhecimento de sinais "splice-site" (GT-AG, CT-AC). Se necessário, o processo é repetido com parâmetros menos rigorosos em fragmentos não combinados.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Searching, Supports Format: Plain Text

Other Packages Related to sim4

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download sim4

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
amd64 53.4 kB144.0 kB [list of files]
armel 52.8 kB140.0 kB [list of files]
i386 48.8 kB132.0 kB [list of files]
ia64 75.8 kB220.0 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 54.1 kB122.0 kB [list of files]
kfreebsd-i386 49.1 kB110.0 kB [list of files]
mips 55.2 kB160.0 kB [list of files]
mipsel 55.9 kB164.0 kB [list of files]
powerpc 53.5 kB144.0 kB [list of files]
s390 51.4 kB140.0 kB [list of files]
sparc 49.2 kB136.0 kB [list of files]