Package: mummer (3.23+dfsg-8 and others)

[ Source: mummer  ]

alinhamento eficiente de seqüência para genomas completos

O MUMmer é um sistema para rapidamente alinhar genomas inteiros, seja na forma completa ou rascunho ("draft"). Por exemplo, o MUMmer 3.0 pode encontrar todos os pares de base 20 ("20-basepair") ou combinações mais longas entre um par de 5-megabase de genomas em 13,7 segundos, usando 78 MB de memória, em uma estação de trabalho Linux 2.4 GHz. O MUMmer também pode alinhas genomas incompletos; ele lida com 100s ou 1000s de "contigs" a partir de um projeto de seqüenciamento "shotgun" com facilidade, e os alinhará para outro conjunto de "contigs" ou um genoma usando o programa NUCmer incluído com o sistema. Se a espécie for muito divergente do alinhamento da seqüência de DNA para detectar similaridade, então o programa PROmer pode gerar alinhamentos baseados em até transições de seis-quadros ("six-frame") de ambas as seqüências de entrada.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

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Download mummer

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.23+dfsg-8	654.6 kB	3,963.0 kB	[list of files]
amd64	3.23+dfsg-8	646.2 kB	3,307.0 kB	[list of files]
arm64	3.23+dfsg-8	621.2 kB	3,826.0 kB	[list of files]
armel	3.23+dfsg-8	616.5 kB	3,745.0 kB	[list of files]
armhf	3.23+dfsg-8	612.8 kB	3,361.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.23+dfsg-8	643.0 kB	3,175.0 kB	[list of files]
i386	3.23+dfsg-8	653.4 kB	3,297.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	702.7 kB	4,138.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.23+dfsg-8	633.3 kB	3,193.0 kB	[list of files]
mips64el	3.23+dfsg-8	651.6 kB	4,009.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	651.1 kB	4,083.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.23+dfsg-8	655.8 kB	4,019.0 kB	[list of files]
riscv64	3.23+dfsg-8+b1	648.4 kB	3,067.0 kB	[list of files]
s390x	3.23+dfsg-8	622.6 kB	3,286.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	655.9 kB	3,748.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	621.6 kB	20,626.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.23+dfsg-8	643.1 kB	3,173.0 kB	[list of files]