Pacote: python3-pairtools (0.3.0-3.2 e outros) [debports]

[ Fonte:  ]

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Outros pacotes relacionados a python3-pairtools

• dep: cython3

  extensões C para Python 3

• dep: libc6.1 (>= 2.33)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

• dep: python3

  linguagem orientada a objetos de alto nível e interativa (versão python3 padrão)

  dep: python3 (<< 3.11)

  dep: python3 (>= 3.10~)

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-nose

  Pacote não disponível

• dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0)

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-numpy-abi9

  pacote virtual fornecido por python3-numpy

Download de python3-pairtools

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
ia64 (porte não oficial)	0.3.0-3.2+b1	137.3 kB	612.0 kB	[lista de arquivos]