Pacote: pizzly (0.37.3+ds-10)

[ Fonte: pizzly  ]

Pacote experimental

Aviso: este pacote é da distribuição experimental. Isso significa que provavelmente é instável ou tem erros, e pode até causar perda de dados. Certifique-se de consultar o changelog e outras documentações antes de usá-lo.

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Outros pacotes relacionados a pizzly

• dep: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não alpha, riscv64, sparc64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

Download de pizzly

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	270.6 kB	995.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	306.3 kB	936.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	265.5 kB	928.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	259.3 kB	1,025.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	295.7 kB	1,120.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	298.3 kB	1,056.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	293.0 kB	728.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	299.1 kB	952.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	240.1 kB	1,062.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	306.3 kB	883.0 kB	[lista de arquivos]