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[ Fonte: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Etiquetas: Biologia: Ácidos nucleicos, Campo: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Função: Programa, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a cufflinks

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armhf]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python3

  linguagem orientada a objetos de alto nível e interativa (versão padrão da python3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

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Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,500.5 kB	10,384.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,390.1 kB	9,869.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,114.3 kB	6,213.0 kB	[lista de arquivos]
i386	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,522.5 kB	10,603.0 kB	[lista de arquivos]