Pacote: canu (2.0+dfsg-1)

[ Fonte: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Outros pacotes relacionados a canu

• dep: gnuplot

  programa de plotagem interativo e de linha de comando
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: mhap (>= 2.1.3)

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Pacote não disponível

Download de canu

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1,226.6 kB	9,210.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1,100.2 kB	8,667.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1,101.1 kB	6,673.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1,352.2 kB	10,418.0 kB	[lista de arquivos]