Pacote: stacks (2.55+dfsg-1)

[ Fonte: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Outros pacotes relacionados a stacks

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Database Interface (DBI) para Perl

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  interface em linha de comando e para script do GNU R -- pacote de transição
  também um pacote virtual fornecido por r-cran-littler

• rec: python3

  linguagem orientada a objetos de alto nível e interativa (versão padrão da python3)

Download de stacks

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1,041.1 kB	5,465.0 kB	[lista de arquivos]