wszystkie opcje
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Pakiet źródłowy: wise  ]

Pakiet: wise (2.4.1-21)

Odnośniki dla wise

Screenshot

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego wise:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

Wise2 is a package focused on comparisons of biopolymers, commonly DNA and protein sequences. There are many other packages which do this, probably the best known being BLAST package (from NCBI) and the Fasta package (from Bill Pearson). There are other packages, such as the HMMER package (Sean Eddy) or SAM package (UC Santa Cruz) focused on hidden Markov models (HMMs) of biopolymers.

Wise2's particular forte is the comparison of DNA sequence at the level of its protein translation. This comparison allows the simultaneous prediction of say gene structure with homology based alignment.

Wise2 also contains other algorithms, such as the venerable Smith-Waterman algorithm, or more modern ones such as Stephen Altschul's generalised gap penalties, or even experimental ones developed in house, such as dba. The development of these algorithms is due to the ease of developing such algorithms in the environment used by Wise2.

Wise2 has also been written with an eye for reuse and maintainability. Although it is a pure C package you can access its functionality directly in Perl. Parts of the package (or the entire package) can be used by other C or C++ programs without namespace clashes as all externally linked variables have the unique identifier Wise2 prepended.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::comparing, works-with::TODO

Inne pakiety związane z wise

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • enhances

Pobieranie wise

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
alpha (port nieoficjalny) 1 083,0 KiB11 995,0 KiB [lista plików]
amd64 955,3 KiB9 665,0 KiB [lista plików]
arm64 939,2 KiB9 275,0 KiB [lista plików]
armel 726,4 KiB8 452,0 KiB [lista plików]
armhf 765,4 KiB6 020,0 KiB [lista plików]
hppa (port nieoficjalny) 936,7 KiB9 792,0 KiB [lista plików]
i386 1 053,4 KiB10 833,0 KiB [lista plików]
m68k (port nieoficjalny) 915,4 KiB8 565,0 KiB [lista plików]
mips 1 018,2 KiB11 337,0 KiB [lista plików]
mips64el 1 065,1 KiB11 982,0 KiB [lista plików]
mipsel 1 053,5 KiB11 341,0 KiB [lista plików]
powerpcspe (port nieoficjalny) 759,8 KiB10 241,0 KiB [lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny) 1 060,7 KiB14 093,0 KiB [lista plików]
ppc64el 1 083,9 KiB13 133,0 KiB [lista plików]
riscv64 (port nieoficjalny) 848,1 KiB6 710,0 KiB [lista plików]
s390x 921,5 KiB11 139,0 KiB [lista plików]
sh4 (port nieoficjalny) 861,9 KiB7 545,0 KiB [lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny) 771,0 KiB8 817,0 KiB [lista plików]
x32 (port nieoficjalny) 951,5 KiB9 429,0 KiB [lista plików]