Pakiet: spaced (1.2.0-201605+dfsg-4)

[ Pakiet źródłowy: spaced  ]

alignment-free sequence comparison using spaced words

Spaced (Words) is a new approach to alignment-free sequence comparison. While most alignment-free algorithms compare the word-composition of sequences, spaced uses a pattern of care and don't care positions. The occurrence of a spaced word in a sequence is then defined by the characters at the match positions only, while the characters at the don't care positions are ignored. Instead of comparing the frequencies of contiguous words in the input sequences, this new approach compares the frequencies of the spaced words according to the pre-defined pattern. An information-theoretic distance measure is then used to define pairwise distances on the set of input sequences based on their spaced-word frequencies. Systematic test runs on real and simulated sequence sets have shown that, for phylogeny reconstruction, this multiple-spaced-words approach is far superior to the classical alignment-free approach based on contiguous word frequencies.

Inne pakiety związane z spaced

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

Pobieranie spaced

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	58,3 KiB	216,0 KiB	[lista plików]
amd64	59,4 KiB	168,0 KiB	[lista plików]
arm64	52,3 KiB	152,0 KiB	[lista plików]
armel	53,0 KiB	151,0 KiB	[lista plików]
armhf	51,9 KiB	111,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	63,5 KiB	165,0 KiB	[lista plików]
i386	66,2 KiB	179,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	73,9 KiB	301,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	59,2 KiB	167,0 KiB	[lista plików]
mips64el	58,6 KiB	223,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	62,4 KiB	216,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	62,0 KiB	216,0 KiB	[lista plików]
riscv64	57,7 KiB	128,0 KiB	[lista plików]
s390x	61,9 KiB	180,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	72,2 KiB	215,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	51,0 KiB	1 050,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	59,0 KiB	159,0 KiB	[lista plików]