Pakiet: smalt (0.7.6-13)

[ Pakiet źródłowy: smalt  ]

Sequence Mapping and Alignment Tool

SMALT efficiently aligns DNA sequencing reads with a reference genome. Reads from a wide range of sequencing platforms, for example Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio or ABI-Sanger, can be processed including paired reads.

The software employs a perfect hash index of short words (< 20 nucleotides long), sampled at equidistant steps along the genomic reference sequences.

For each read, potentially matching segments in the reference are identified from seed matches in the index and subsequently aligned with the read using a banded Smith-Waterman algorithm.

The best gapped alignments of each read is reported including a score for the reliability of the best mapping. The user can adjust the trade-off between sensitivity and speed by tuning the length and spacing of the hashed words.

A mode for the detection of split (chimeric) reads is provided. Multi-threaded program execution is supported.

Inne pakiety związane z smalt

• dep: libbambamc0 (>= 0.0.50)

  Runtime library for reading and writing BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie smalt

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	107,4 KiB	342,0 KiB	[lista plików]
amd64	112,1 KiB	306,0 KiB	[lista plików]
arm64	102,1 KiB	342,0 KiB	[lista plików]
armel	97,2 KiB	272,0 KiB	[lista plików]
armhf	95,9 KiB	200,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	110,0 KiB	298,0 KiB	[lista plików]
i386	124,1 KiB	344,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	143,4 KiB	547,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	96,0 KiB	268,0 KiB	[lista plików]
mips64el	106,4 KiB	362,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	122,6 KiB	534,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	123,2 KiB	406,0 KiB	[lista plików]
riscv64	112,6 KiB	250,0 KiB	[lista plików]
s390x	113,7 KiB	326,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	119,7 KiB	276,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	91,4 KiB	2 073,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	111,7 KiB	296,0 KiB	[lista plików]