Pakiet: sga (0.10.15-7 i inne)

[ Pakiet źródłowy: sga  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Inne pakiety związane z sga

• dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libbamtools2.5.1 [sh4]

  Pakiet niedostępny

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Pakiet niedostępny

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Pakiet niedostępny

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [nie alpha, hppa, ppc64, riscv64, sh4, sparc64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: perl [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python3 [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-pysam [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-ruffus [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: abyss [nie sh4]

  Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów

  rec: abyss (>= 2.0.2-1) [sh4]

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów

Pobieranie sga

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.10.15-7	755,4 KiB	2 753,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.10.15-7+b1	812,5 KiB	2 432,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.10.15-7+b1	580,5 KiB	1 792,0 KiB	[lista plików]
armel	0.10.15-7+b1	564,3 KiB	1 727,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.10.15-7+b1	582,9 KiB	1 279,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.10.14-2	977,9 KiB	2 993,0 KiB	[lista plików]
i386	0.10.15-7+b1	876,3 KiB	2 607,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.10.15-7+b1	1 025,2 KiB	4 829,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.10.15-7+b1	775,3 KiB	2 407,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.10.15-7+b1	745,3 KiB	3 062,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.10.14-2	735,4 KiB	2 620,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692,6 KiB	2 304,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.10.15-7+b1	663,5 KiB	1 496,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.10.15-4	1 052,2 KiB	2 782,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.10.14-2	770,0 KiB	2 627,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.10.15-7+b1	817,2 KiB	2 291,0 KiB	[lista plików]