Pakiet: yanagiba (1.0.0-5)

[ Pakiet źródłowy: yanagiba  ]

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore

Yanagiba is used to filter short or low quality Oxford Nanopore reads which have been basecalled with Albacore. It takes fastq.gz and an Albacore summary file as input. If no Albacore summary file is provided attempt to calculate mean qscore from directly from fastq file using NanoMath. Note: Calculated quality scores appear to be lower for reads called with Metrichor, you may need to lower your minqual setting in this case.

Inne pakiety związane z yanagiba

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-nanomath

  simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

Pobieranie yanagiba

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	25,0 KiB	57,0 KiB	[lista plików]