Pakiet: tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-9 i inne)

[ Pakiet źródłowy: tree-puzzle  ]

Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

This is the parallelized version of tree-puzzle.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::analysing, use::comparing, Obsługa formatu: Czysty tekst, Działa z: Wymaga dodatkowego znacznika

Inne pakiety związane z tree-ppuzzle

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• dep: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  Pakiet niedostępny

Pobieranie tree-ppuzzle

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	181,6 KiB	557,0 KiB	[lista plików]
amd64	5.3~rc16+dfsg-9+b1	181,5 KiB	433,0 KiB	[lista plików]
arm64	5.3~rc16+dfsg-9+b1	164,6 KiB	428,0 KiB	[lista plików]
armel	5.3~rc16+dfsg-9+b1	174,2 KiB	448,0 KiB	[lista plików]
armhf	5.3~rc16+dfsg-9+b1	165,2 KiB	332,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	172,1 KiB	437,0 KiB	[lista plików]
i386	5.3~rc16+dfsg-9+b1	193,8 KiB	532,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	233,7 KiB	860,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	165,7 KiB	452,0 KiB	[lista plików]
mips64el	5.3~rc16+dfsg-9+b1	180,0 KiB	511,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	193,5 KiB	557,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	5.3~rc16+dfsg-9+b1	191,6 KiB	557,0 KiB	[lista plików]
riscv64	5.3~rc16+dfsg-9+b2	182,2 KiB	377,0 KiB	[lista plików]
s390x	5.3~rc16+dfsg-9+b1	193,7 KiB	484,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	196,8 KiB	429,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	166,6 KiB	1 071,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	177,3 KiB	416,0 KiB	[lista plików]