Pakiet: seqan-needle (1.0.2+ds-2)

[ Pakiet źródłowy: seqan-needle  ]

pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences

Needle is a tool for semi-quantitative analysis of very large collections of nucleotide sequences.

Needle stores its data in multiple interleaved Bloom filter, a fast and space efficient probabilistic data structure and uses a windowing scheme (also called minimisers) to reduce the amount of data to store. How many interleaved Bloom filter are used is defined by the user. Each interleaved Bloom filter has a so called expression threshold and stores minimisers with an occurrence greater than or equal to its own expression threshold and smaller than the next biggest expression threshold (if there is no bigger expression threshold, all greater than or equal to the threshold are stored). These expression thresholds are then used during the query (called estimate) to approximate the expression values of given transcripts.

Inne pakiety związane z seqan-needle

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [nie arm64, ia64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie seqan-needle

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	305,5 KiB	1 253,0 KiB	[lista plików]
amd64	344,6 KiB	1 128,0 KiB	[lista plików]
arm64	296,0 KiB	1 056,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	407,7 KiB	2 087,0 KiB	[lista plików]
mips64el	309,8 KiB	1 427,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	344,9 KiB	1 312,0 KiB	[lista plików]
riscv64	338,1 KiB	832,0 KiB	[lista plików]