Pakiet: nanolyse (1.2.0-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: nanolyse  ]

remove lambda phage reads from a fastq file

NanoLyse is a tool for rapid removal of contaminant DNA, using the Minimap2 aligner through the mappy Python binding. A typical application would be the removal of the lambda phage control DNA fragment supplied by ONT, for which the reference sequence is included in the package. However, this approach may lead to unwanted loss of reads from regions highly homologous to the lambda phage genome.

Inne pakiety związane z nanolyse

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-mappy

  Python3 interface minimap2

Pobieranie nanolyse

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
armel	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
i386	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.2.0-4+b1	25,0 KiB	67,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.2.0-4	24,7 KiB	66,0 KiB	[lista plików]