Pakiet: mindthegap (2.3.0-3 i inne)

[ Pakiet źródłowy: mindthegap  ]

performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets

Designed to call insertions of any size, whether they are novel or duplicated, homozygous or heterozygous in the donor genome. It takes as input a set of reads and a reference genome. It outputs two sets of FASTA sequences: one is the set of breakpoints of detection insertion sites, the other is the set of assembled insertions for each breakpoint. MindTheGap can also be used as a genome assembly finishing tool. It can fill the gaps between a set of input contigs without any a priori on their relative order and orientation. It outputs the results in gfa file.

Inne pakiety związane z mindthegap

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, hppa, ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.8) [hppa]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg-7)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [nie hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

Pobieranie mindthegap

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.3.0-3+b1	221,6 KiB	1 053,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.3.0-3+b1	242,7 KiB	1 054,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.3.0-3+b1	217,2 KiB	1 050,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.3.0-1	273,2 KiB	1 000,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.3.0-3+b1	268,9 KiB	1 671,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.3.0-3+b1	194,3 KiB	1 171,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.3.0-3+b1	229,9 KiB	1 242,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.3.0-3+b1	234,5 KiB	1 178,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.3.0-3+b1	235,3 KiB	866,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.3.0-3+b1	201,7 KiB	1 056,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.3.0-3+b1	244,9 KiB	937,0 KiB	[lista plików]