Pakiet: khmer (3.0.0~a3+dfsg-8 i inne)

[ Pakiet źródłowy: khmer  ]

Zliczanie k-merów sekwencji DNA w pamięci, filtrowanie i przeglądanie wykresów

khmer to biblioteka i zestaw narzędzi wiersza poleceń do pracy z sekwencją DNA. Jest skierowany przede wszystkim do krótkich odczytów danych sekwencjonowania, takich jak te wytwarzane przez platformę Illumina. khmer przyjmuje podejście skoncentrowane na k-merach do analizy sekwencji, i stąd wywodzi się jego nazwa.

Znaczniki: Biologia: Fasta/Pearson, Kwasy nukleinowe, Dziedzina: field::biology, field::biology:bioinformatics, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, implemented-in::python, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, use::analysing, Przeznaczenie: Porównywanie, Filtrowanie

Inne pakiety związane z khmer

• dep: cython3 (>= 0.26.1) [ia64]

  C-Extensions for Python 3

• dep: khmer-common

  common files for the khmer project tools

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.32) [amd64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [nie amd64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: python3 [nie sparc64]

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

  dep: python3 (<< 3.10) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.13) [amd64]

  dep: python3 (<< 3.6) [sparc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [amd64]

  dep: python3 (>= 3.4~) [sparc64]

  dep: python3 (>= 3.9~) [ia64]

• dep: python3-bz2file [nie amd64]

  Pakiet niedostępny

• dep: python3-screed [amd64]

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

  dep: python3-screed (<< 1.0) [sparc64]

  dep: python3-screed (>= 1.0) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie khmer

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	3.0.0~a3+dfsg-8	8 057,0 KiB	51 019,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.1.2+dfsg-9	6 427,6 KiB	33 935,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.0+dfsg-5	5 855,3 KiB	23 661,0 KiB	[lista plików]