Pakiet: fastahack (1.0.0+dfsg-11 i inne)

[ Pakiet źródłowy: libfastahack  ]

Narzędzie do indeksowania i wyodrębniania sekwencji z plików FASTA

Fastahack to mały program do indeksowania oraz wyodrębniania sekwencji i podsekwencji z plików FASTA. Dołączona biblioteka Fasta.cpp dostarcza czytnik i indeksator FASTA, nadający się do osadzania w aplikacjach, które mogą skorzystać na bezpośrednim odczytywaniu podsekwencji z plików FASTA. Biblioteka ta automatycznie obsługuje generowanie i używanie plików indeksowych.

Właściwości:

 * generowanie indeksu FASTA (.fai) dla plików FASTA;
 * ekstrakcja sekwencji;
 * ekstrakcja podsekwencji;
 * statystyka sekwencji (obecnie dostępna jest tylko entropia).

Ekstrakcja sekwencji i podsekwencji wykorzystuje fseek64, aby zapewnić najszybszą możliwą ekstrakcję bez operacji ładowania plików intensywnie obciążających pamięć RAM. Z tego powodu fasthack jest użytecznym narzędziem dla bioinformatyków, którzy potrzebują szybko wyodrębnić wiele podsekwencji z referencyjnej sekwencji FASTA.

Inne pakiety związane z fastahack

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [nie amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

Pobieranie fastahack

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.0.0+dfsg-11	11,7 KiB	84,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.0.0+dfsg-11	12,0 KiB	40,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.0.0+dfsg-11	11,5 KiB	84,0 KiB	[lista plików]
armel	1.0.0+dfsg-11	11,4 KiB	35,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.0.0+dfsg-11	11,3 KiB	35,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.0.0+dfsg-11	11,9 KiB	36,0 KiB	[lista plików]
i386	1.0.0+dfsg-11	12,2 KiB	43,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.0.0+dfsg-11	13,3 KiB	49,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.0.0+dfsg-11	11,9 KiB	43,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.0.0+dfsg-11	11,8 KiB	85,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.0.0+dfsg-11	12,1 KiB	84,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.0.0+dfsg-11	12,0 KiB	84,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.0.0+dfsg-11+b1	11,7 KiB	37,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.0.0+dfsg-11	11,9 KiB	40,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.0.0+dfsg-11	12,5 KiB	83,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.0.0+dfsg-11	11,5 KiB	1 045,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.0.0+dfsg-11	12,0 KiB	39,0 KiB	[lista plików]