Pakiet: exonerate (2.4.0-5 i inne)

[ Pakiet źródłowy: exonerate  ]

generic tool for pairwise sequence comparison

Exonerate allows you to align sequences using a many alignment models, using either exhaustive dynamic programming, or a variety of heuristics. Much of the functionality of the Wise dynamic programming suite was reimplemented in C for better efficiency. Exonerate is an intrinsic component of the building of the Ensembl genome databases, providing similarity scores between RNA and DNA sequences and thus determining splice variants and coding sequences in general.

An In-silico PCR Experiment Simulation System (see the ipcress man page) is packaged with exonerate.

This package also comes with a selection of utilities for performing simple manipulations quickly on fasta files beyond 2Gb

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::TODO, use::searching, Obsługa formatu: Wymaga dodatkowego znacznika, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Inne pakiety związane z exonerate

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3)

  Glib, biblioteka funkcji języka C

• sug: wise

  comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

• enh: bioperl-run

  Nakładki na BioPerl: skrypty

Pobieranie exonerate

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.4.0-5+b1	2 093,4 KiB	11 018,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.4.0-5+b1	1 917,3 KiB	9 639,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.4.0-5+b1	1 724,5 KiB	10 163,0 KiB	[lista plików]
armel	2.4.0-5+b1	1 541,5 KiB	9 362,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.4.0-5+b1	1 622,2 KiB	6 434,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.4.0-5+b1	2 026,8 KiB	9 361,0 KiB	[lista plików]
i386	2.4.0-5+b1	2 028,0 KiB	10 410,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.4.0-5+b1	2 608,5 KiB	22 832,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.4.0-5+b1	1 764,0 KiB	9 098,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.4.0-5+b1	1 728,5 KiB	11 371,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.4.0-5+b1	1 775,7 KiB	12 787,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.4.0-5+b1	1 793,6 KiB	12 595,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.4.0-5+b2	1 963,4 KiB	8 123,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.4.0-5+b1	2 233,5 KiB	11 559,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.4.0-5+b1	2 336,3 KiB	8 698,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.4.0-5+b1	1 673,3 KiB	34 221,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.4.0-5+b1	1 878,4 KiB	9 590,0 KiB	[lista plików]