Pakiet: concavity (0.1+dfsg.1-5 i inne)

[ Pakiet źródłowy: concavity  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

Inne pakiety związane z concavity

• dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, ia64, riscv64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  Molekularny system graficzny

Pobieranie concavity

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-5	237,3 KiB	1 051,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.1+dfsg.1-5	238,5 KiB	973,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.1+dfsg.1-5	224,0 KiB	941,0 KiB	[lista plików]
armel	0.1+dfsg.1-5	224,9 KiB	933,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.1+dfsg.1-5	222,9 KiB	809,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-5	236,6 KiB	981,0 KiB	[lista plików]
i386	0.1+dfsg.1-5	252,5 KiB	1 020,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-5	266,8 KiB	1 406,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-5	235,2 KiB	976,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.1+dfsg.1-5	252,7 KiB	1 168,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-5	252,3 KiB	1 194,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.1+dfsg.1-5	252,8 KiB	1 130,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.1+dfsg.1-5+b1	242,3 KiB	885,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.1+dfsg.1-5	224,1 KiB	969,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-5	273,7 KiB	1 001,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-5	218,0 KiB	971,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-5	238,1 KiB	948,0 KiB	[lista plików]