Pakiet: biobambam2 (2.0.185+ds-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: biobambam2  ]

tools for early stage alignment file processing

This package contains some tools for processing BAM files, including

  bamsormadup:  parallel sorting and duplicate marking
  bamcollate2:  reads BAM and writes BAM reordered such that alignment
                or collated by query name
  bammarkduplicates: reads BAM and writes BAM with duplicate alignments
                marked using the BAM flags field
  bammaskflags: reads BAM and writes BAM while masking (removing) bits
                from the flags column
  bamrecompress: reads BAM and writes BAM with a defined compression
                 setting. This tool is capable of multi-threading.
  bamsort:       reads BAM and writes BAM resorted by coordinates or
                 query name
  bamtofastq:    reads BAM and writes FastQ; output can be collated
                 or uncollated by query name

Inne pakiety związane z biobambam2

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [nie arm64, i386, ia64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libmaus2-2 (>= 2.0.812+ds) [alpha]

  collection of data structures and algorithms for biobambam

  dep: libmaus2-2 (>= 2.0.813+ds) [nie alpha]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, x32]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie alpha, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie biobambam2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.0.185+ds-1	10 029,6 KiB	81 440,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.0.185+ds-2	9 203,8 KiB	64 327,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.0.185+ds-2	8 563,8 KiB	64 163,0 KiB	[lista plików]
i386	2.0.185+ds-2	9 933,6 KiB	71 707,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.0.185+ds-2	10 230,3 KiB	117 346,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.0.185+ds-2	7 602,0 KiB	75 740,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.0.185+ds-2	8 944,3 KiB	76 579,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.0.185+ds-2	8 815,6 KiB	51 675,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.0.185+ds-1	9 350,0 KiB	61 191,0 KiB	[lista plików]