Pakiet: proteinortho (6.3.1+dfsg-1)

[ Pakiet źródłowy: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Inne pakiety związane z proteinortho

• dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~)

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: procps

  Narzędzia systemu plikowego /proc

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

Pobieranie proteinortho

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
riscv64	341,6 KiB	1 033,0 KiB	[lista plików]